什么是 CUBE 文件？

CUBE 文件格式，也称为高斯立方文件 (.cube)，在计算化学中用于存储分子数据，特别是量子化学计算产生的电子密度信息。 这种格式通常与高斯软件包相关，广泛用于执行从头算电子结构计算。

高斯立方文件存储三维数据，通常表示通过量子化学计算获得的电子密度或分子的其他属性。 该文件包含带有元数据的标题部分（例如原点、沿每个轴的数据点数量和间距），后面是表示空间中每个网格点处感兴趣的属性（例如电子密度）的数值网格。

Gaussian Cube 文件（.cube）是一个具有特定结构的纯文本文件。 标头包含有关分子系统和数据网格的信息，数据值以三维网格格式排列。 Gaussian Cube 文件通常用于使用分子可视化软件来可视化分子属性。 VMD（视觉分子动力学）或PyMOL等程序可以读取高斯立方体文件以显示分子表面、电子密度或其他计算属性。

高斯立方体文件的简化示例：

多维数据集文件示例
由高斯生成
   0 1 0 0 0 0 0 0 0 0
   0.0000000000000000E+00 0.0000000000000000E+00 0.0000000000000000E+00
  50 0.1000000000000000E+01 0.0000000000000000E+00 0.0000000000000000E+00
  50 0.0000000000000000E+00 0.1000000000000000E+01 0.0000000000000000E+00
  50 0.0000000000000000E+00 0.0000000000000000E+00 0.1000000000000000E+01
    0.123456789E+02 0.123456789E+02 0.123456789E+02 0.123456789E+02 0.123456789E+02
    ...（每个网格点的电子密度数据值）

关于高斯

Gaussian 是一套用于量子化学和计算化学的软件应用程序。 Gaussian 的主要关注点是从头算量子化学方法，这是研究分子电子结构的高精度但计算密集型方法。 该软件广泛用于各种应用的研究和学术环境，包括预测分子特性、研究反应机制和探索分子结构。

关于新化学

NWChem 是一款开源计算化学软件，专为高性能量子化学模拟而设计。 它采用 Hartree-Fock 和密度泛函理论等从头计算方法，支持并行计算以在集群上进行高效计算，并在计算化学、生物化学和材料科学等不同科学领域得到应用。 NWChem 以其多功能性而闻名，允许研究人员研究各种化学系统，其开源性质鼓励社区贡献和定制。

关于VMD

VMD 代表视觉分子动力学，是一种功能强大且广泛使用的分子可视化程序，用于显示、分析和动画分子动力学 (MD) 轨迹以及静态分子结构。 它在计算化学、分子生物学和结构生物信息学领域特别受欢迎。 VMD 擅长可视化分子结构，提供分子和分子复合物的高质量 3D 渲染。 它支持多种分子文件格式。

关于 PyMOL

PyMOL 是一种分子可视化系统和软件工具，用于分子结构的三维可视化。 它在结构生物学、生物信息学和计算化学领域特别受欢迎。 PyMOL 提供高质量的分子结构 3D 渲染，使用户能够可视化和探索生物大分子的形状、表面和相互作用。

如何打开 CUBE 文件？

可以使用以下程序打开和引用 CUBE 文件。

• NWChem（免费）适用于（Windows、MAC、Linux）

＃＃ 参考

• 高斯立方体文件格式