ไฟล์ CHIP คืออะไร??

ไฟล์ CHIP เป็นไฟล์คำอธิบายประกอบแบบ microarray และเกี่ยวข้องกับซอฟต์แวร์ Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) GSEA เป็นวิธีการคำนวณที่ประเมินว่าชุดของยีนที่กำหนดไว้ล่วงหน้า (ชุดยีน) แสดงความแตกต่างที่มีนัยสำคัญทางสถิติระหว่างสถานะทางชีววิทยาสองสถานะหรือไม่ เช่น เนื้อเยื่อที่มีสุขภาพดีเทียบกับเนื้อเยื่อที่เป็นโรค หรือเซลล์ที่ได้รับยาเทียบกับเซลล์ที่ไม่ได้รับการรักษา หากต้องการดำเนินการ GSEA คุณต้องมีชุดข้อมูลการแสดงออกของยีนและฐานข้อมูลชุดยีน ฐานข้อมูลชุดยีนประกอบด้วยข้อมูลเกี่ยวกับยีนในชุดยีน เช่น การทำงาน วิถีทาง หรือการแสดงออกเฉพาะของเนื้อเยื่อ

ไฟล์ CHIP เป็นฐานข้อมูลชุดยีนประเภทเฉพาะที่ GSEA ใช้ ประกอบด้วยข้อมูลเกี่ยวกับยีนและชุดยีนที่เกี่ยวข้องกับแพลตฟอร์มไมโครเรย์ที่ใช้ในการทดลอง ไฟล์ CHIP ให้คำอธิบายประกอบสำหรับแต่ละโพรบบนไมโครอาร์เรย์ เช่น สัญลักษณ์ของยีน ชื่อยีน คำอธิบายยีน และตำแหน่งของโครโมโซม ข้อมูลนี้ใช้เพื่อจับคู่โพรบกับยีนในชุดข้อมูลการแสดงออกของยีน และเพื่อกำหนดให้กับชุดยีนที่เหมาะสมสำหรับการวิเคราะห์ GSEA

หากต้องการใช้ไฟล์ CHIP ใน GSEA คุณจะต้องนำเข้าไฟล์ดังกล่าวไปยังซอฟต์แวร์และลิงก์ไฟล์นั้นกับชุดข้อมูลไมโครอาร์เรย์ของคุณ GSEA รองรับแพลตฟอร์ม microarray ที่หลากหลาย และจัดเตรียมไฟล์ CHIP ที่สร้างไว้ล่วงหน้าสำหรับหลายแพลตฟอร์ม อย่างไรก็ตาม คุณยังสามารถสร้างไฟล์ CHIP ของคุณเองได้โดยใช้ฐานข้อมูลคำอธิบายประกอบจากแหล่งภายนอก เช่น NCBI หรือ Ensembl

ข้อมูลมากกว่านี้

ไฟล์ CHIP ไม่ใช่สเปรดชีต แต่สามารถเปิดและแก้ไขได้ในโปรแกรมสเปรดชีตเช่น Microsoft Excel หรือ Google ชีต ไฟล์ CHIP เป็นไฟล์ข้อความประเภทหนึ่งที่มีข้อมูลที่คั่นด้วยแท็บ ซึ่งสามารถนำเข้าสู่โปรแกรมสเปรดชีตเพื่อดูและแก้ไขได้อย่างง่ายดาย

ในโปรแกรมสเปรดชีต คุณสามารถจัดการข้อมูลในไฟล์ CHIP เพื่อเพิ่ม ลบ หรือแก้ไขคำอธิบายประกอบสำหรับยีนและชุดยีนบนไมโครอาร์เรย์ ตัวอย่างเช่น คุณสามารถใช้โปรแกรมสเปรดชีตเพื่อเพิ่มคำอธิบายประกอบที่กำหนดเองสำหรับยีนที่ไม่รวมอยู่ในไฟล์ CHIP ต้นฉบับ หรือเพื่อรวมไฟล์ CHIP หลายไฟล์จากแหล่งต่างๆ ให้เป็นไฟล์เดียว

อย่างไรก็ตาม สิ่งสำคัญที่ควรทราบคือไฟล์ CHIP มีรูปแบบและโครงสร้างเฉพาะที่ต้องดูแลรักษาเพื่อให้เข้ากันได้กับซอฟต์แวร์ GSEA หากคุณแก้ไขเนื้อหาของไฟล์ CHIP ในโปรแกรมสเปรดชีต คุณควรตรวจสอบให้แน่ใจว่าการแก้ไขนั้นไม่ได้เปลี่ยนรูปแบบไฟล์หรือเนื้อหาในลักษณะที่อาจส่งผลต่อความถูกต้องหรือความถูกต้องของการวิเคราะห์ GSEA

เปิดไฟล์ CHIP ได้อย่างไร

เนื่องจากไฟล์ CHIP มีข้อมูลที่คั่นด้วยแท็บ ดังนั้นหากคุณต้องการดูข้อมูลสเปรดชีต คุณสามารถเปิดใน Microsoft Excel ได้

อ้างอิง

See Also