.CHIP opcja № 1

Plik CHIP jest plikiem adnotacji mikromacierzy i jest powiązany z oprogramowaniem do analizy wzbogacania zestawu genów (GSEA). GSEA to metoda obliczeniowa, która ocenia, czy wstępnie zdefiniowany zestaw genów (zestaw genów) wykazuje statystycznie istotne różnice między dwoma stanami biologicznymi, takimi jak tkanka zdrowa i chora lub komórki leczone lekiem i nietraktowane. Aby wykonać GSEA, potrzebujesz zestawu danych dotyczących ekspresji genów i bazy danych zestawu genów. Baza danych zestawów genów zawiera informacje o genach w zestawach genów, takie jak ich funkcja, szlak lub ekspresja specyficzna dla tkanki.

Plik CHIP to specyficzny typ bazy danych zestawu genów używany przez GSEA. Zawiera informacje o genach i zestawach genów istotnych dla platformy mikromacierzy wykorzystywanej w eksperymencie. Plik CHIP zawiera adnotacje dla każdej sondy w mikromacierzy, takie jak symbol genu, nazwa genu, opis genu i lokalizacja chromosomu. Informacje te są wykorzystywane do dopasowania sond do genów w zestawie danych dotyczących ekspresji genów i przypisania ich do odpowiednich zestawów genów na potrzeby analizy GSEA.

Aby użyć pliku CHIP w GSEA, musisz zaimportować go do oprogramowania i połączyć ze zbiorem danych mikromacierzy. GSEA obsługuje różne platformy mikromacierzy i dla wielu z nich udostępnia gotowe pliki CHIP. Można jednak również utworzyć własny plik CHIP, korzystając z baz danych adnotacji ze źródeł zewnętrznych, takich jak NCBI lub Ensembl.

Więcej informacji

Plik CHIP nie jest arkuszem kalkulacyjnym, ale można go otwierać i edytować w programie do obsługi arkuszy kalkulacyjnych, takim jak Microsoft Excel lub Arkusze Google. Plik CHIP to typ pliku tekstowego zawierającego dane rozdzielane tabulatorami, które można łatwo zaimportować do programu arkusza kalkulacyjnego w celu przeglądania i edycji.

W programie arkusza kalkulacyjnego można manipulować danymi w pliku CHIP, aby dodawać, usuwać lub modyfikować adnotacje dla genów i zestawów genów w mikromacierzy. Na przykład możesz użyć programu do obsługi arkuszy kalkulacyjnych, aby dodać własne adnotacje do genów, które nie są zawarte w oryginalnym pliku CHIP, lub aby połączyć wiele plików CHIP z różnych źródeł w jeden plik.

Należy jednak pamiętać, że plik CHIP ma specyficzny format i strukturę, których należy zachować w celu zapewnienia zgodności z oprogramowaniem GSEA. Jeśli modyfikujesz zawartość pliku CHIP w programie arkusza kalkulacyjnego, powinieneś upewnić się, że modyfikacje nie zmieniają formatu pliku ani zawartości w sposób, który mógłby mieć wpływ na dokładność lub ważność analizy GSEA.

Jak otworzyć plik CHIP?

Ponieważ plik CHIP zawiera dane rozdzielane tabulatorami, więc jeśli chcesz wyświetlić dane arkusza kalkulacyjnego, możesz otworzyć je w programie Microsoft Excel.

Bibliografia

• GSEA