Wat is een GB GenBank-gegevensbestand?
GB-bestandsindeling, ook bekend als GenBank-bestandsindeling, is een standaard tekstindeling die wordt gebruikt voor het opslaan van biologische sequentie-informatie, zoals DNA-, RNA- en eiwitsequenties, samen met de bijbehorende metagegevens. Het wordt vaak gebruikt in de bio-informatica en moleculaire biologie voor de uitwisseling en opslag van genetische informatie.
GB-bestandsformaatinformatie
Hier zijn de belangrijkste kenmerken van het GenBank-bestandsformaat:
Headerinformatie: Het bestand begint met een headersectie die informatie biedt over de volgorde en de bron ervan; dit omvat details zoals toegangsnummer, organisme en verwijzingen naar literatuur waarin sequentiegegevens zijn gepubliceerd.
Gedeelte over kenmerken: Na de koptekst is er een sectie over kenmerken die verschillende kenmerken van de sequentie beschrijft, zoals genen, coderende regio’s, regulerende elementen en andere belangrijke locaties; elk kenmerk is geannoteerd met specifieke informatie, zoals de locatie in de reeks, het type kenmerk en aanvullende kwalificaties.
Sequentiegegevens: De daadwerkelijke sequentiegegevens volgen in de sectie met kenmerken; deze sectie bevat ruwe genetische informatie in de vorm van nucleotide- of aminozuursequenties. De reeksgegevens worden doorgaans gepresenteerd in een gestandaardiseerd formaat met regeleinden voor de leesbaarheid.
Tags opmaken: GenBank-bestanden gebruiken specifieke tags en trefwoorden om de informatie te structureren; deze tags helpen bij het definiëren van verschillende delen van het bestand en bieden softwareprogramma’s een gestandaardiseerde manier om de gegevens te interpreteren en te parseren.
Annotatie: GenBank-bestanden bevatten uitgebreide annotaties die informatie geven over de biologische betekenis van verschillende regio’s in de reeks; dit kan details omvatten over coderende regio’s, eiwitproducten en functionele annotaties.
Oorsprongsregel: De sequentiegegevens worden vaak afgesloten met een “ORIGIN”-regel, die het begin van de sequentie aangeeft en wordt gevolgd door de daadwerkelijke nucleotide- of aminozuursequentie.
Over DNA Baser-software - Om GB-bestand te openen
DNA Baser van Heracle BioSoft is een softwaretool ontworpen voor DNA-sequentieanalyse. Het is gespecialiseerd in het verzamelen van DNA-sequentiegegevens, het uitvoeren van basisoproepen en het toestaan dat gebruikers sequenties bewerken en annoteren. De software biedt kwaliteitscontrolefuncties en biedt een gebruiksvriendelijke interface voor onderzoekers en moleculair biologen. Het vergemakkelijkt de export van resultaten in verschillende formaten voor integratie met andere bio-informatica-instrumenten en databases, waardoor het een waardevol instrument is in onderzoek naar moleculaire biologie en bio-informatica.
Hoe open je een GB-bestand?
GB-bestand gerelateerd aan het GenBank-bestandsformaat kan worden geopend en er kan naar worden verwezen met de volgende programma’s.
- Heracle BioSoft DNA Baser (gratis proefversie) voor Windows
