Kas yra CUBE failas?
CUBE failo formatas, dar žinomas kaip Gauso kubo failas (.cube), naudojamas skaičiavimo chemijoje saugoti molekulinius duomenis, ypač elektronų tankio informaciją, gautą atliekant kvantinės chemijos skaičiavimus. Šis formatas dažniausiai siejamas su Gauso programinės įrangos paketu, kuris plačiai naudojamas ab initio elektroninės struktūros skaičiavimams atlikti.
Gauso kubo failuose saugomi trimačiai duomenys, paprastai atspindintys elektronų tankį ar kitas molekulių savybes, gautus atliekant kvantinės chemijos skaičiavimus. Faile yra antraštės skyrius su metaduomenimis (pvz., kilmė, duomenų taškų skaičius išilgai kiekvienos ašies ir tarpai), po kurio pateikiamas skaitinių reikšmių tinklelis, atspindintis dominančią savybę (pvz., elektronų tankį) kiekviename tinklelio taške erdvėje.
Gauso kubo failas (.cube) yra paprasto teksto failas su specifine struktūra. Antraštėje pateikiama informacija apie molekulinę sistemą ir duomenų tinklelį, o duomenų reikšmės išdėstytos trimačiu tinklelio formatu. Gauso kubo failai dažnai naudojami molekulinėms savybėms vizualizuoti naudojant molekulinės vizualizacijos programinę įrangą. Tokios programos kaip VMD (Visual Molecular Dynamics) arba PyMOL gali nuskaityti Gauso kubo failus, kad parodytų molekulinius paviršius, elektronų tankį ar kitas apskaičiuotas savybes.
Supaprastintas Gauso kubo failo pavyzdys:
Cubefile Example
Generated by Gaussian
0 1 0 0 0 0 0 0 0 0
0.0000000000000000E+00 0.0000000000000000E+00 0.0000000000000000E+00
50 0.1000000000000000E+01 0.0000000000000000E+00 0.0000000000000000E+00
50 0.0000000000000000E+00 0.1000000000000000E+01 0.0000000000000000E+00
50 0.0000000000000000E+00 0.0000000000000000E+00 0.1000000000000000E+01
0.123456789E+02 0.123456789E+02 0.123456789E+02 0.123456789E+02 0.123456789E+02
... (data values for electron density at each grid point)
Apie Gausą
Gaussian yra programinės įrangos, skirtos kvantinei chemijai ir skaičiavimo chemijai, rinkinys. Gauso pagrindinis dėmesys skiriamas ab initio kvantinės chemijos metodams, kurie yra labai tikslūs, bet daug skaičiavimo reikalaujantys metodai tiriant molekulių elektroninę struktūrą. Programinė įranga plačiai naudojama moksliniuose tyrimuose ir akademinėse įvairiose programose, įskaitant molekulinių savybių prognozavimą, reakcijos mechanizmų tyrimą ir molekulinių struktūrų tyrimą.
Apie NWChem
NWChem yra atvirojo kodo skaičiavimo chemijos programinė įranga, skirta didelio našumo kvantinės chemijos modeliavimui. Jame naudojami ab initio metodai, tokie kaip Hartree-Fock ir tankio funkcinė teorija, palaikomas lygiagretusis skaičiavimas efektyviems klasterių skaičiavimams ir randamas pritaikymas įvairiose mokslo srityse, įskaitant skaičiavimo chemiją, biochemiją ir medžiagų mokslą. NWChem yra žinomas dėl savo universalumo, leidžiantis mokslininkams tyrinėti įvairias chemines sistemas, o atvirojo kodo pobūdis skatina bendruomenės indėlį ir pritaikymą.
Apie VMD
VMD, reiškianti Visual Molecular Dynamics, yra galinga ir plačiai naudojama molekulinės vizualizacijos programa, skirta molekulinės dinamikos (MD) trajektorijoms, taip pat statinėms molekulinėms struktūroms rodyti, analizuoti ir animuoti. Jis ypač populiarus kompiuterinės chemijos, molekulinės biologijos ir struktūrinės bioinformatikos srityse. VMD puikiai vizualizuoja molekulines struktūras, teikia aukštos kokybės 3D molekulių ir molekulinių kompleksų atvaizdus. Jis palaiko įvairius molekulinių failų formatus.
Apie PyMOL
PyMOL yra molekulinės vizualizacijos sistema ir programinės įrangos įrankis, naudojamas trimatei molekulinių struktūrų vizualizacijai. Jis ypač populiarus struktūrinės biologijos, bioinformatikos ir skaičiavimo chemijos srityse. PyMOL teikia aukštos kokybės 3D molekulinių struktūrų atvaizdus, leidžiančius vartotojams vizualizuoti ir tyrinėti biologinių makromolekulių formas, paviršius ir sąveikas.
Kaip atidaryti CUBE failą?
CUBE failą galima atidaryti ir nurodyti naudojant šias programas.
- NWChem (nemokama), skirta (Windows, MAC, Linux)
