CUBE 파일이란?
Gaussian Cube 파일(.cube)로도 알려진 CUBE 파일 형식은 분자 데이터, 특히 양자 화학 계산으로 인한 전자 밀도 정보를 저장하기 위해 계산 화학에 사용됩니다. 이 형식은 일반적으로 순전자 구조 계산을 수행하는 데 널리 사용되는 가우스 소프트웨어 패키지와 연관되어 있습니다.
Gaussian Cube 파일은 일반적으로 양자 화학 계산을 통해 얻은 전자 밀도 또는 분자의 기타 특성을 나타내는 3차원 데이터를 저장합니다. 파일에는 메타데이터(예: 원점, 각 축의 데이터 포인트 수 및 간격)가 포함된 헤더 섹션과 공간의 각 그리드 포인트에서 관심 속성(예: 전자 밀도)을 나타내는 숫자 값 그리드가 포함되어 있습니다.
가우시안 큐브 파일(.cube)은 특정 구조를 가진 일반 텍스트 파일입니다. 헤더에는 분자계 및 데이터 그리드에 대한 정보가 담겨 있으며, 데이터 값은 3차원 그리드 형태로 배열되어 있습니다. Gaussian Cube 파일은 분자 시각화 소프트웨어를 사용하여 분자 특성을 시각화하는 데 자주 사용됩니다. VMD(Visual Molecular Dynamics) 또는 PyMOL과 같은 프로그램은 Gaussian Cube 파일을 읽어 분자 표면, 전자 밀도 또는 기타 계산된 속성을 표시할 수 있습니다.
가우시안 큐브 파일의 단순화된 예:
큐브파일 예
가우시안에 의해 생성됨
0 1 0 0 0 0 0 0 0 0
0.0000000000000000E+00 0.0000000000000000E+00 0.0000000000000000E+00
50 0.1000000000000000E+01 0.0000000000000000E+00 0.0000000000000000E+00
50 0.0000000000000000E+00 0.1000000000000000E+01 0.0000000000000000E+00
50 0.0000000000000000E+00 0.0000000000000000E+00 0.1000000000000000E+01
0.123456789E+02 0.123456789E+02 0.123456789E+02 0.123456789E+02 0.123456789E+02
... (각 그리드 포인트의 전자 밀도에 대한 데이터 값)
가우시안 정보
Gaussian은 양자화학 및 전산화학을 위한 소프트웨어 애플리케이션 제품군입니다. Gaussian의 주요 초점은 분자의 전자 구조를 연구하기 위한 매우 정확하지만 계산 집약적인 접근 방식인 ab initio 양자 화학 방법에 있습니다. 이 소프트웨어는 분자 특성 예측, 반응 메커니즘 연구, 분자 구조 탐색 등 다양한 응용 분야의 연구 및 학술 환경에서 널리 사용됩니다.
NWChem 소개
NWChem은 고성능 양자 화학 시뮬레이션을 위해 설계된 오픈 소스 전산 화학 소프트웨어입니다. Hartree-Fock 및 밀도 함수 이론과 같은 ab initio 방법을 사용하고 클러스터에 대한 효율적인 계산을 위한 병렬 컴퓨팅을 지원하며 전산 화학, 생화학 및 재료 과학을 포함한 다양한 과학 분야에서 응용 프로그램을 찾습니다. NWChem은 연구자들이 다양한 화학 시스템을 연구할 수 있는 다재다능함으로 유명하며, 오픈 소스 특성을 통해 커뮤니티 기여와 맞춤화를 장려합니다.
VMD 소개
Visual Molecular Dynamics의 약자인 VMD는 정적 분자 구조뿐만 아니라 분자 역학(MD) 궤적을 표시, 분석 및 애니메이션화하기 위해 강력하고 널리 사용되는 분자 시각화 프로그램입니다. 특히 전산화학, 분자생물학, 구조생물정보학 분야에서 인기가 높습니다. VMD는 분자 구조 시각화에 탁월하여 분자 및 분자 복합체의 고품질 3D 렌더링을 제공합니다. 다양한 분자 파일 형식을 지원합니다.
PyMOL 소개
PyMOL은 분자 구조의 3차원 시각화에 사용되는 분자 시각화 시스템 및 소프트웨어 도구입니다. 특히 구조 생물학, 생물정보학, 컴퓨터 화학 분야에서 인기가 높습니다. PyMOL은 분자 구조의 고품질 3D 렌더링을 제공하여 사용자가 생물학적 거대분자의 모양, 표면 및 상호 작용을 시각화하고 탐색할 수 있도록 합니다.
CUBE 파일을 여는 방법은 무엇입니까?
CUBE 파일은 다음 프로그램을 사용하여 열고 참조할 수 있습니다.
- (Windows, MAC, Linux)용 NWChem(무료)
