Mi az a CHIP fájl?
A CHIP fájl egy microarray annotációs fájl, amely a Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) szoftverhez kapcsolódik. A GSEA egy számítási módszer, amely kiértékeli, hogy egy előre meghatározott génkészlet (génkészlet) mutat-e statisztikailag szignifikáns különbséget két biológiai állapot között, például az egészséges és a beteg szövet vagy a gyógyszerrel kezelt és a kezeletlen sejtek között. A GSEA végrehajtásához szüksége van egy génexpressziós adatkészletre és egy génkészlet-adatbázisra. A génkészlet-adatbázis információkat tartalmaz a génkészletekben lévő génekről, például funkciójukról, útvonalukról vagy szövetspecifikus expressziójukról.
A CHIP-fájl a GSEA által használt génkészlet-adatbázis egy meghatározott típusa. Információkat tartalmaz azokról a génekről és génkészletekről, amelyek relevánsak a kísérletben használt microarray platform szempontjából. A CHIP fájl megjegyzéseket ad a mikrotömb minden egyes szondájához, például a génszimbólumhoz, a génnévhez, a génleíráshoz és a kromoszómális helyhez. Ez az információ arra szolgál, hogy a próbákat a génexpressziós adatkészletben lévő génekkel párosítsák, és hozzárendeljék őket a megfelelő génkészletekhez a GSEA elemzéshez.
A CHIP-fájl GSEA-ban való használatához importálnia kell azt a szoftverbe, és összekapcsolnia kell a microarray-adatkészletével. A GSEA különféle microarray platformokat támogat, és ezek közül sokhoz előre elkészített CHIP fájlokat biztosít. Azonban saját CHIP-fájlt is létrehozhat külső forrásokból, például NCBI-ból vagy Ensembl-ből származó annotációs adatbázisok használatával.
Több információ
A CHIP-fájl nem egy táblázat, de megnyitható és szerkeszthető egy táblázatkezelő programban, például a Microsoft Excelben vagy a Google Sheetsben. A CHIP fájl egy tabulátorral tagolt adatokat tartalmazó szöveges fájl, amely egyszerűen importálható táblázatkezelő programba megtekintés és szerkesztés céljából.
Egy táblázatkezelő programban módosíthatja a CHIP-fájl adatait a mikrotömb génjeinek és génkészleteinek megjegyzéseinek hozzáadásához, eltávolításához vagy módosításához. Például egy táblázatkezelő programmal egyéni megjegyzéseket adhat hozzá az eredeti CHIP-fájlban nem szereplő génekhez, vagy egyesíthet több különböző forrásból származó CHIP-fájlt egyetlen fájlba.
Fontos azonban megjegyezni, hogy a CHIP-fájlnak meghatározott formátuma és szerkezete van, amelyet fenn kell tartani a GSEA szoftverrel való kompatibilitás érdekében. Ha módosítja egy CHIP-fájl tartalmát egy táblázatkezelő programban, gondoskodnia kell arról, hogy a módosítások ne változtassák meg a fájlformátumot vagy a tartalmat oly módon, hogy az befolyásolja a GSEA-elemzés pontosságát vagy érvényességét.
CHIP fájl - Mivel nyitható meg egy CHIP fájl?
Mivel a CHIP fájl tabulátorral tagolt adatokat tartalmaz, így ha meg szeretné tekinteni a táblázat adatait, meg tudja nyitni a Microsoft Excelben.
