Mi az a CUBE fájl?
A CUBE fájlformátumot, más néven Gaussian Cube fájlt (.cube) használják a számítási kémiában molekuláris adatok, különösen a kvantumkémiai számításokból származó elektronsűrűség információ tárolására. Ezt a formátumot általában a Gaussian szoftvercsomaggal társítják, amelyet széles körben használnak ab initio elektronikus szerkezeti számítások elvégzésére.
A Gaussian Cube fájlok háromdimenziós adatokat tárolnak, amelyek jellemzően az elektronsűrűséget vagy a molekulák egyéb tulajdonságait reprezentálják, és amelyeket kvantumkémiai számításokkal nyernek. A fájl fejlécet tartalmaz metaadatokkal (például origó, adatpontok száma az egyes tengelyek mentén és térköz), majd a tér minden rácspontjában a számunkra érdekes tulajdonságot (például elektronsűrűséget) reprezentáló számértékek rácsát.
A Gaussian-kocka fájl (.cube) egy egyszerű szöveges fájl, meghatározott szerkezettel. A fejléc információkat tartalmaz a molekuláris rendszerről és az adatrácsról, az adatértékek pedig háromdimenziós rács formátumban vannak elrendezve. A Gaussian Cube fájlokat gyakran használják molekuláris tulajdonságok megjelenítésére molekuláris megjelenítő szoftver segítségével. Az olyan programok, mint a VMD (Visual Molecular Dynamics) vagy a PyMOL, képesek olvasni a Gauss-kocka fájlokat a molekulafelületek, az elektronsűrűség vagy más számított tulajdonságok megjelenítéséhez.
Egyszerűsített példa a Gauss-kocka fájlra:
Cubefile példa
Gaussian generálta
0 1 0 0 0 0 0 0 0 0
0.0000000000000000E+00 0.0000000000000000E+00 0.0000000000000000E+00
50 0.1000000000000000E+01 0.0000000000000000E+00 0.0000000000000000E+00
50 0.0000000000000000E+00 0.1000000000000000E+01 0.0000000000000000E+00
50 0.0000000000000000E+00 0.0000000000000000E+00 0.1000000000000000E+01
0,123456789E+02 0,123456789E+02 0,123456789E+02 0,123456789E+02 0,123456789E+02
... (az elektronsűrűség adatértékei minden rácspontban)
A Gauss-ról
A Gaussian a kvantumkémia és a számítási kémia szoftveralkalmazásainak csomagja. A Gauss-féle elsődleges hangsúly az ab initio kvantumkémiai módszereken van, amelyek rendkívül pontos, de számításigényes megközelítések a molekulák elektronszerkezetének tanulmányozására. A szoftvert széles körben használják kutatási és akadémiai környezetben különféle alkalmazásokhoz, beleértve a molekuláris tulajdonságok előrejelzését, a reakciómechanizmusok tanulmányozását és a molekuláris szerkezetek feltárását.
Az NWChemről
Az NWChem egy nyílt forráskódú számítási kémiai szoftver, amelyet nagy teljesítményű kvantumkémiai szimulációkhoz terveztek. Olyan ab initio módszereket alkalmaz, mint a Hartree-Fock és a sűrűségfunkcionális elmélet, támogatja a párhuzamos számításokat a klaszterek hatékony számításaihoz, és különféle tudományterületeken talál alkalmazásokat, beleértve a számítási kémiát, a biokémiát és az anyagtudományt. Az NWChem sokoldalúságáról ismert, lehetővé téve a kutatók számára, hogy különféle vegyi rendszereket tanulmányozzanak, és nyílt forráskódú jellege ösztönzi a közösségi hozzájárulásokat és a testreszabást.
A VMD-ről
A VMD, amely a Visual Molecular Dynamics rövidítése, egy erőteljes és széles körben használt molekuláris vizualizációs program molekuláris dinamikai (MD) pályák, valamint statikus molekuláris struktúrák megjelenítésére, elemzésére és animálására. Különösen népszerű a számítási kémia, a molekuláris biológia és a szerkezeti bioinformatika területén. A VMD kiváló a molekuláris struktúrák megjelenítésében, és kiváló minőségű 3D-s megjelenítést biztosít a molekulákról és molekuláris komplexekről. Számos molekuláris fájlformátumot támogat.
A PyMOL-ról
A PyMOL egy molekuláris vizualizációs rendszer és szoftvereszköz, amelyet molekuláris szerkezetek háromdimenziós megjelenítésére használnak. Különösen népszerű a szerkezetbiológia, a bioinformatika és a számítási kémia területén. A PyMOL kiváló minőségű 3D-s megjelenítést biztosít a molekuláris szerkezetekről, lehetővé téve a felhasználók számára, hogy vizualizálják és felfedezzék a biológiai makromolekulák alakjait, felületeit és kölcsönhatásait.
CUBE fájl megnyitása?
A CUBE fájl a következő programokkal nyitható meg és hivatkozhat rájuk.
- NWChem (ingyenes) (Windows, MAC, Linux)
