CHIP फ़ाइल क्या है?

CHIP फ़ाइल एक माइक्रोएरे एनोटेशन फ़ाइल है और जीन सेट संवर्धन विश्लेषण (GSEA) सॉफ़्टवेयर से संबंधित है। जीएसईए एक कम्प्यूटेशनल विधि है जो मूल्यांकन करती है कि क्या जीन का एक पूर्वनिर्धारित सेट (एक जीन सेट) दो जैविक स्थितियों के बीच सांख्यिकीय रूप से महत्वपूर्ण अंतर दिखाता है, जैसे स्वस्थ बनाम रोगग्रस्त ऊतक या दवा-उपचारित बनाम अनुपचारित कोशिकाएं। जीएसईए करने के लिए, आपको एक जीन अभिव्यक्ति डेटासेट और एक जीन सेट डेटाबेस की आवश्यकता होती है। जीन सेट डेटाबेस में जीन सेट में जीन के बारे में जानकारी होती है, जैसे कि उनका कार्य, मार्ग, या ऊतक-विशिष्ट अभिव्यक्ति।

CHIP फ़ाइल एक विशिष्ट प्रकार का जीन सेट डेटाबेस है जिसका उपयोग GSEA द्वारा किया जाता है। इसमें उन जीन और जीन सेट के बारे में जानकारी शामिल है जो प्रयोग में उपयोग किए जा रहे माइक्रोएरे प्लेटफॉर्म के लिए प्रासंगिक हैं। सीएचआईपी फ़ाइल माइक्रोएरे पर प्रत्येक जांच के लिए एनोटेशन प्रदान करती है, जैसे कि जीन प्रतीक, जीन नाम, जीन विवरण और क्रोमोसोमल स्थान। इस जानकारी का उपयोग जीन अभिव्यक्ति डेटासेट में जीन के साथ जांच का मिलान करने और उन्हें जीएसईए विश्लेषण के लिए उपयुक्त जीन सेट को सौंपने के लिए किया जाता है।

GSEA में CHIP फ़ाइल का उपयोग करने के लिए, आपको इसे सॉफ़्टवेयर में आयात करना होगा और इसे अपने माइक्रोएरे डेटासेट से लिंक करना होगा। जीएसईए विभिन्न माइक्रोएरे प्लेटफार्मों का समर्थन करता है और उनमें से कई के लिए पूर्व-निर्मित सीएचआईपी फाइलें प्रदान करता है। हालाँकि, आप एनसीबीआई या एन्सेम्बल जैसे बाहरी स्रोतों से एनोटेशन डेटाबेस का उपयोग करके अपनी खुद की सीएचआईपी फ़ाइल भी बना सकते हैं।

अधिक जानकारी

CHIP फ़ाइल एक स्प्रेडशीट नहीं है, लेकिन इसे Microsoft Excel या Google शीट्स जैसे स्प्रेडशीट प्रोग्राम में खोला और संपादित किया जा सकता है। CHIP फ़ाइल एक प्रकार की टेक्स्ट फ़ाइल है जिसमें टैब-सीमांकित डेटा होता है, जिसे देखने और संपादित करने के लिए स्प्रेडशीट प्रोग्राम में आसानी से आयात किया जा सकता है।

स्प्रेडशीट प्रोग्राम में, आप माइक्रोएरे पर जीन और जीन सेट के लिए एनोटेशन जोड़ने, हटाने या संशोधित करने के लिए CHIP फ़ाइल में डेटा में हेरफेर कर सकते हैं। उदाहरण के लिए, आप उन जीनों के लिए कस्टम एनोटेशन जोड़ने के लिए स्प्रेडशीट प्रोग्राम का उपयोग कर सकते हैं जो मूल CHIP फ़ाइल में शामिल नहीं हैं, या विभिन्न स्रोतों से कई CHIP फ़ाइलों को एक फ़ाइल में मर्ज करने के लिए कर सकते हैं।

हालाँकि, यह ध्यान रखना महत्वपूर्ण है कि CHIP फ़ाइल में एक विशिष्ट प्रारूप और संरचना होती है जिसे GSEA सॉफ़्टवेयर के साथ संगतता के लिए बनाए रखा जाना चाहिए। यदि आप किसी स्प्रेडशीट प्रोग्राम में CHIP फ़ाइल की सामग्री को संशोधित करते हैं, तो आपको यह सुनिश्चित करना चाहिए कि संशोधन फ़ाइल प्रारूप या सामग्री को इस तरह से नहीं बदलते हैं जो GSEA विश्लेषण की सटीकता या वैधता को प्रभावित कर सकता है।

CHIP फ़ाइल कैसे खोलें?

चूँकि, CHIP फ़ाइल में टैब-सीमांकित डेटा होता है, इसलिए यदि आप स्प्रेडशीट डेटा देखना चाहते हैं, तो आप इसे Microsoft Excel में खोल सकते हैं।

संदर्भ

• GSEA