CUBE फ़ाइल क्या है?

CUBE फ़ाइल स्वरूप, जिसे गॉसियन क्यूब फ़ाइल (.cube) के रूप में भी जाना जाता है, का उपयोग कम्प्यूटेशनल रसायन विज्ञान में आणविक डेटा, विशेष रूप से क्वांटम रसायन विज्ञान गणनाओं के परिणामस्वरूप इलेक्ट्रॉन घनत्व जानकारी संग्रहीत करने के लिए किया जाता है। यह प्रारूप आमतौर पर गॉसियन सॉफ़्टवेयर पैकेज से जुड़ा होता है, जिसका व्यापक रूप से एब इनिटियो इलेक्ट्रॉनिक संरचना गणना करने के लिए उपयोग किया जाता है।

गॉसियन क्यूब फ़ाइलें त्रि-आयामी डेटा संग्रहीत करती हैं, जो आमतौर पर क्वांटम रसायन विज्ञान गणना के माध्यम से प्राप्त इलेक्ट्रॉन घनत्व या अणुओं के अन्य गुणों का प्रतिनिधित्व करती हैं। फ़ाइल में मेटाडेटा (जैसे मूल, प्रत्येक अक्ष के साथ डेटा बिंदुओं की संख्या और रिक्ति) के साथ हेडर अनुभाग होता है, इसके बाद अंतरिक्ष में प्रत्येक ग्रिड बिंदु पर रुचि की संपत्ति (उदाहरण के लिए, इलेक्ट्रॉन घनत्व) का प्रतिनिधित्व करने वाले संख्यात्मक मानों का ग्रिड होता है।

गॉसियन क्यूब फ़ाइल (.क्यूब) विशिष्ट संरचना वाली एक सादा-पाठ फ़ाइल है। हेडर में आणविक प्रणाली और डेटा ग्रिड के बारे में जानकारी होती है, और डेटा मान त्रि-आयामी ग्रिड प्रारूप में व्यवस्थित होते हैं। गॉसियन क्यूब फ़ाइलों का उपयोग अक्सर आणविक विज़ुअलाइज़ेशन सॉफ़्टवेयर का उपयोग करके आणविक गुणों की कल्पना करने के लिए किया जाता है। वीएमडी (विज़ुअल मॉलिक्यूलर डायनेमिक्स) या पाइमोल जैसे प्रोग्राम आणविक सतहों, इलेक्ट्रॉन घनत्व, या अन्य गणना गुणों को प्रदर्शित करने के लिए गॉसियन क्यूब फ़ाइलों को पढ़ सकते हैं।

गॉसियन क्यूब फ़ाइल का सरलीकृत उदाहरण: 

क्यूबफ़ाइल उदाहरण
गॉसियन द्वारा उत्पन्न
   0 1 0 0 0 0 0 0 0 0
   0.0000000000000000E+00 0.000000000000000E+00 0.000000000000000E+00
  50 0.100000000000000E+01 0.000000000000000E+00 0.000000000000000E+00
  50 0.0000000000000000E+00 0.100000000000000E+01 0.000000000000000E+00
  50 0.0000000000000000E+00 0.000000000000000E+00 0.100000000000000E+01
    0.123456789ई+02 0.123456789ई+02 0.123456789ई+02 0.123456789ई+02 0.123456789ई+02
    ... (प्रत्येक ग्रिड बिंदु पर इलेक्ट्रॉन घनत्व के लिए डेटा मान)

गॉसियन के बारे में

गॉसियन क्वांटम रसायन विज्ञान और कम्प्यूटेशनल रसायन विज्ञान के लिए सॉफ्टवेयर अनुप्रयोगों का एक सूट है। गॉसियन का प्राथमिक ध्यान एब इनिटियो क्वांटम रसायन विज्ञान विधियों पर है, जो अणुओं की इलेक्ट्रॉनिक संरचना का अध्ययन करने के लिए अत्यधिक सटीक लेकिन कम्प्यूटेशनल रूप से गहन दृष्टिकोण हैं। सॉफ्टवेयर का व्यापक रूप से विभिन्न अनुप्रयोगों के लिए अनुसंधान और शैक्षणिक सेटिंग्स में उपयोग किया जाता है, जिसमें आणविक गुणों की भविष्यवाणी करना, प्रतिक्रिया तंत्र का अध्ययन करना और आणविक संरचनाओं की खोज करना शामिल है।

एनडब्ल्यूकेम के बारे में

एनडब्ल्यूकेम एक ओपन-सोर्स कम्प्यूटेशनल केमिस्ट्री सॉफ्टवेयर है जिसे उच्च-प्रदर्शन क्वांटम केमिस्ट्री सिमुलेशन के लिए डिज़ाइन किया गया है। यह हार्ट्री-फॉक और घनत्व कार्यात्मक सिद्धांत जैसे प्रारंभिक तरीकों को नियोजित करता है, समूहों पर कुशल गणना के लिए समानांतर कंप्यूटिंग का समर्थन करता है, और कम्प्यूटेशनल रसायन विज्ञान, जैव रसायन और सामग्री विज्ञान सहित विभिन्न वैज्ञानिक क्षेत्रों में अनुप्रयोग ढूंढता है। NWChem अपनी बहुमुखी प्रतिभा के लिए जाना जाता है, जो शोधकर्ताओं को विभिन्न रासायनिक प्रणालियों का अध्ययन करने की अनुमति देता है, और इसकी ओपन-सोर्स प्रकृति सामुदायिक योगदान और अनुकूलन को प्रोत्साहित करती है।

वीएमडी के बारे में

वीएमडी, जो विज़ुअल मॉलिक्यूलर डायनेमिक्स के लिए खड़ा है, आणविक गतिशीलता (एमडी) प्रक्षेपवक्र, साथ ही स्थिर आणविक संरचनाओं को प्रदर्शित करने, विश्लेषण करने और एनिमेट करने के लिए शक्तिशाली और व्यापक रूप से उपयोग किया जाने वाला आणविक विज़ुअलाइज़ेशन प्रोग्राम है। यह कम्प्यूटेशनल रसायन विज्ञान, आणविक जीव विज्ञान और संरचनात्मक जैव सूचना विज्ञान के क्षेत्र में विशेष रूप से लोकप्रिय है। वीएमडी आणविक संरचनाओं को देखने में उत्कृष्टता प्राप्त करता है, अणुओं और आणविक परिसरों की उच्च गुणवत्ता वाली 3डी प्रस्तुतिकरण प्रदान करता है। यह विभिन्न आणविक फ़ाइल स्वरूपों का समर्थन करता है।

PyMOL के बारे में

PyMOL एक आणविक दृश्य प्रणाली और सॉफ्टवेयर उपकरण है जिसका उपयोग आणविक संरचनाओं के त्रि-आयामी दृश्य के लिए किया जाता है। यह संरचनात्मक जीव विज्ञान, जैव सूचना विज्ञान और कम्प्यूटेशनल रसायन विज्ञान के क्षेत्र में विशेष रूप से लोकप्रिय है। PyMOL आणविक संरचनाओं की उच्च-गुणवत्ता वाली 3D रेंडरिंग प्रदान करता है, जो उपयोगकर्ताओं को जैविक मैक्रोमोलेक्यूल्स के आकार, सतहों और इंटरैक्शन को देखने और तलाशने में सक्षम बनाता है।

CUBE फ़ाइल कैसे खोलें?

CUBE फ़ाइल को निम्नलिखित प्रोग्राम का उपयोग करके खोला और संदर्भित किया जा सकता है।

  • NWChem (निःशुल्क) (विंडोज़, मैक, लिनक्स) के लिए

सन्दर्भ