Cad is comhad CUBE ann?
Úsáidtear formáid comhaid CUBE, ar a dtugtar comhad Ciúb Gaussach (.ciúb) freisin sa cheimic ríomhaireachtúil chun sonraí móilíneacha a stóráil, go háirithe faisnéis ar dhlús leictreon a eascraíonn as ríomhaireachtaí sa cheimic chandamach. Is minic a bhaineann an fhormáid seo le pacáiste bogearraí Gaussach, a úsáidtear go forleathan chun ríomh struchtúir leictreonacha ab initio a dhéanamh.
Stórálann comhaid Ciúb Gaussacha sonraí tríthoiseacha, a léiríonn dlús leictreon nó airíonna eile móilíní de ghnáth, a fhaightear trí ríomhanna sa cheimic chandamach. Tá alt ceanntásca sa chomhad le meiteashonraí (cosúil le tionscnamh, líon na bpointí sonraí feadh gach ais, agus spásáil), agus greille de luachanna uimhriúla ina dhiaidh sin a léiríonn maoin inspéise (eg, dlús leictreoin) ag gach pointe greille sa spás.
Is comhad gnáth-théacs é comhad Ciúb Gaussach (.ciúb) le struchtúr sonrach. Tá faisnéis sa cheanntásc faoin gcóras móilíneach agus faoin eangach sonraí, agus socraítear luachanna sonraí i bhformáid ghreille tríthoiseach. Is minic a úsáidtear comhaid Ciúb Gaussach chun airíonna móilíneacha a shamhlú ag baint úsáide as bogearraí léirshamhlaithe móilíneacha. Is féidir le cláir ar nós VMD (Amhairc Dhinimic Mhóilíneach) nó PyMOL comhaid Ciúb Gaussach a léamh chun dromchlaí móilíneacha, dlús leictreon, nó airíonna ríofa eile a thaispeáint.
Sampla simplithe de chomhad Ciúb Gaussach:
Cubefile Example
Generated by Gaussian
0 1 0 0 0 0 0 0 0 0
0.0000000000000000E+00 0.0000000000000000E+00 0.0000000000000000E+00
50 0.1000000000000000E+01 0.0000000000000000E+00 0.0000000000000000E+00
50 0.0000000000000000E+00 0.1000000000000000E+01 0.0000000000000000E+00
50 0.0000000000000000E+00 0.0000000000000000E+00 0.1000000000000000E+01
0.123456789E+02 0.123456789E+02 0.123456789E+02 0.123456789E+02 0.123456789E+02
... (data values for electron density at each grid point)
Maidir Gaussian
Is sraith feidhmchlár bogearraí é Gaussian don cheimic chandamach agus don cheimic ríomhaireachtúil. Tá príomhfhócas na Gailíse ar mhodhanna ceimic chandamach ab initio, ar cineálacha cur chuige atá an-chruinn ach atá dian ar ríomhaireacht chun staidéar a dhéanamh ar struchtúr leictreonach móilíní. Úsáidtear na bogearraí go forleathan i suíomhanna taighde agus acadúla le haghaidh feidhmeanna éagsúla, lena n-áirítear airíonna móilíneacha a thuar, staidéar a dhéanamh ar mheicníochtaí imoibrithe, agus iniúchadh a dhéanamh ar struchtúir mhóilíneacha.
Maidir le NChem
Is bogearraí ceimice ríomhaireachtúla foinse oscailte é NWChem atá deartha le haghaidh insamhaltaí ardfheidhmíochta ceimice chandamach. Úsáideann sé modhanna ab initio mar Hartree-Fock agus teoiric fheidhmiúil dlúis, tacaíonn sé le ríomhaireacht chomhthreomhar le haghaidh ríomhanna éifeachtacha ar bhraislí, agus aimsíonn sé feidhmeanna i réimsí éagsúla eolaíocha, lena n-áirítear ceimic ríomhaireachtúil, bithcheimic, agus eolaíocht ábhar. Tá cáil ar NChem mar gheall ar a solúbthacht, a ligeann do thaighdeoirí staidéar a dhéanamh ar chórais cheimiceacha éagsúla, agus spreagann a nádúr foinse oscailte ranníocaíochtaí pobail agus saincheaptha.
Maidir le VMD
Is clár léirshamhlaithe móilíneach cumhachtach é VMD, a sheasann do Visual Molecular Dynamics, a úsáidtear go forleathan chun conairí dinimic mhóilíneach (MD) a thaispeáint, a anailísiú agus a bheochan, chomh maith le struchtúir mhóilíneacha statacha. Tá an-tóir air i réimsí na ceimice ríomhaireachtúla, na bitheolaíochta móilíneacha, agus na bithfhaisnéisíochta struchtúracha. Is fearr le VMD struchtúir mhóilíneacha a léirshamhlú, ag soláthar rindreálacha 3D d’ardchaighdeán de mhóilíní agus de choimpléisc mhóilíneacha. Tacaíonn sé le héagsúlacht formáidí comhaid mhóilíneacha.
Maidir le PyMOL
Is córas móilíneach léirshamhlaithe agus uirlis bogearraí é PyMOL a úsáidtear le haghaidh léirshamhlú tríthoiseach ar struchtúir mhóilíneacha. Tá an-tóir air i réimsí na bitheolaíochta struchtúracha, na bithfhaisnéisíochta agus na ceimice ríomhaireachta. Soláthraíonn PyMOL léirithe 3D ardcháilíochta de struchtúir mhóilíneacha, a chuireann ar chumas úsáideoirí cruthanna, dromchlaí agus idirghníomhaíochtaí macramóilíní bitheolaíocha a fheiceáil agus a iniúchadh.
Conas comhad CUBE a oscailt?
Is féidir comhad CUBE a oscailt agus tagairt a dhéanamh dó ag baint úsáide as na cláir seo a leanas.
- **NWChem ** (Saor in Aisce) le haghaidh (Windows, MAC, Linux)
