Qu’est-ce qu’un fichier RMD ?

Un fichier R Markdown (RMD) est un fichier texte avec l’extension « .rmd » qui combine du texte Markdown avec des morceaux de code R intégrés. Il s’agit d’un outil puissant pour la recherche et l’analyse de données reproductibles, car il vous permet d’écrire du texte narratif, y compris du code, et de générer des rapports ou des documents dynamiques. Il contient des métadonnées YAML, du texte brut au format Markdown et des morceaux de code R qui, lorsqu’ils sont rendus à l’aide de RStudio, se combinent pour former un document d’analyse de données sophistiqué.

Les fichiers R Markdown sont couramment utilisés dans l’IDE RStudio, mais vous pouvez également les utiliser dans n’importe quel éditeur de texte. Lorsque vous restituez le fichier RMD, des morceaux de code sont exécutés et la sortie (telle que des tableaux, des tracés ou du texte) est insérée dans le document final. Cela vous permet d’intégrer de manière transparente votre analyse et votre visualisation de données à vos explications écrites.

Comment créer un fichier RMD ?

Pour créer un fichier RMD, vous pouvez utiliser n’importe quel éditeur de texte de votre choix. Commencez par ouvrir un nouveau fichier et enregistrez-le avec l’extension “.rmd”, signifiant son format R Markdown. La syntaxe Markdown sert de base à la rédaction du contenu du document. Markdown est un langage de balisage léger qui vous permet de structurer et de formater facilement du texte. Les en-têtes, paragraphes, listes, liens et images peuvent être facilement incorporés dans votre document, garantissant ainsi clarté et lisibilité.

L’un des principaux avantages de R Markdown est la possibilité d’inclure des morceaux de code R directement dans votre document. Ces morceaux de code, entourés de trois guillemets (```) et de la lettre "r" entre accolades ({ }), vous permettent d’écrire et d’exécuter du code R de manière transparente. Vous pouvez effectuer des analyses de données, générer des visualisations, calculer des statistiques et même inclure des éléments interactifs. Lorsque vous restituez le fichier RMD, des morceaux de code sont exécutés et le résultat obtenu est automatiquement inséré dans le document final, garantissant ainsi que votre analyse et votre récit sont pleinement intégrés.

Une fois votre fichier RMD terminé, vous pouvez facilement le restituer dans différents formats, tels que HTML, PDF ou Word. Les environnements de développement intégrés (IDE) comme RStudio offrent une expérience transparente avec le bouton « Knit » qui restitue le document en fonction de vos spécifications. Alternativement, vous pouvez utiliser la fonction rmarkdown::render() dans R pour restituer par programme le fichier RMD.

Comment ouvrir un fichier RMD?

Généralement, vous devez ouvrir le fichier RMD dans RStudio, car il prend en charge la syntaxe RMD et peut réellement exécuter le code contenu dans le fichier RMD. En ouvrant le fichier RMD dans un éditeur de texte compatible ou un IDE, vous pouvez facilement travailler avec le fichier, modifier son contenu, exécuter des morceaux de code R et générer la sortie ou les rapports souhaités basés sur le code intégré et le texte Markdown.

Si votre intention est uniquement d’afficher le contenu du fichier RMD, vous pouvez l’ouvrir à l’aide de n’importe quel éditeur de texte.

Les références

• Introduction à R Markdown