একটি CHIP ফাইল কি?

CHIP ফাইলটি একটি মাইক্রোয়ারে টীকা ফাইল এবং এটি জিন সেট এনরিচমেন্ট অ্যানালাইসিস (GSEA) সফ্টওয়্যারের সাথে সম্পর্কিত। জিএসইএ হল একটি গণনামূলক পদ্ধতি যা মূল্যায়ন করে যে জিনের একটি পূর্বনির্ধারিত সেট (একটি জিন সেট) দুটি জৈবিক অবস্থার মধ্যে পরিসংখ্যানগতভাবে উল্লেখযোগ্য পার্থক্য দেখায়, যেমন সুস্থ বনাম রোগাক্রান্ত টিস্যু বা ওষুধ-চিকিত্সা বনাম অপরিশোধিত কোষ। GSEA সম্পাদন করার জন্য, আপনার একটি জিন এক্সপ্রেশন ডেটাসেট এবং একটি জিন সেট ডেটাবেস প্রয়োজন। জিন সেট ডাটাবেসে জিন সেটের জিন সম্পর্কে তথ্য থাকে, যেমন তাদের কাজ, পথ বা টিস্যু-নির্দিষ্ট অভিব্যক্তি।

A CHIP file is a specific type of gene set database that is used by GSEA. It contains information about the genes and gene sets that are relevant to the microarray platform being used in the experiment. The CHIP file provides annotations for each probe on the microarray, such as the gene symbol, gene name, gene description, and chromosomal location. This information is used to match the probes with the genes in the gene expression dataset and to assign them to the appropriate gene sets for GSEA analysis.

GSEA-তে একটি CHIP ফাইল ব্যবহার করতে, আপনাকে এটি সফ্টওয়্যারে আমদানি করতে হবে এবং এটিকে আপনার মাইক্রোয়ারে ডেটাসেটের সাথে লিঙ্ক করতে হবে। GSEA বিভিন্ন মাইক্রোয়ারে প্ল্যাটফর্ম সমর্থন করে এবং তাদের অনেকের জন্য পূর্ব-নির্মিত CHIP ফাইল সরবরাহ করে। যাইহোক, আপনি এনসিবিআই বা এনসেম্বলের মতো বাহ্যিক উত্স থেকে টীকা ডেটাবেস ব্যবহার করে আপনার নিজস্ব চিপ ফাইল তৈরি করতে পারেন।

অধিক তথ্য

একটি চিপ ফাইল একটি স্প্রেডশীট নয়, তবে এটি মাইক্রোসফ্ট এক্সেল বা গুগল শীটের মতো স্প্রেডশীট প্রোগ্রামে খোলা এবং সম্পাদনা করা যেতে পারে। একটি CHIP ফাইল হল এক ধরনের টেক্সট ফাইল যাতে ট্যাব-ডিলিমিটেড ডেটা থাকে, যা দেখতে এবং সম্পাদনা করার জন্য স্প্রেডশীট প্রোগ্রামে সহজেই আমদানি করা যায়।

একটি স্প্রেডশীট প্রোগ্রামে, আপনি মাইক্রোয়ারেতে জিন এবং জিন সেটের জন্য টীকা যোগ, অপসারণ বা সংশোধন করতে একটি CHIP ফাইলে ডেটা ম্যানিপুলেট করতে পারেন। উদাহরণস্বরূপ, আপনি একটি স্প্রেডশীট প্রোগ্রাম ব্যবহার করতে পারেন জিনগুলির জন্য কাস্টম টীকা যোগ করতে যা মূল CHIP ফাইলে অন্তর্ভুক্ত নয়, বা বিভিন্ন উত্স থেকে একাধিক CHIP ফাইলকে একক ফাইলে একত্রিত করতে।

যাইহোক, এটি লক্ষ করা গুরুত্বপূর্ণ যে একটি CHIP ফাইলের একটি নির্দিষ্ট বিন্যাস এবং কাঠামো রয়েছে যা GSEA সফ্টওয়্যারের সাথে সামঞ্জস্যের জন্য বজায় রাখতে হবে। আপনি যদি একটি স্প্রেডশীট প্রোগ্রামে একটি CHIP ফাইলের বিষয়বস্তু পরিবর্তন করেন, তাহলে আপনাকে নিশ্চিত করতে হবে যে পরিবর্তনগুলি ফাইল বিন্যাস বা বিষয়বস্তুকে এমনভাবে পরিবর্তন করবে না যা GSEA বিশ্লেষণের নির্ভুলতা বা বৈধতাকে প্রভাবিত করতে পারে৷

কিভাবে CHIP ফাইল খুলবেন?

যেহেতু, CHIP ফাইলে ট্যাব-ডিলিমিটেড ডেটা রয়েছে, তাই আপনি যদি স্প্রেডশীট ডেটা দেখতে চান, আপনি এটি Microsoft Excel এ খুলতে পারেন।

তথ্যসূত্র

• GSEA