একটি CUBE ফাইল কি?
CUBE ফাইল ফরম্যাট, যা গাউসিয়ান কিউব ফাইল (.কিউব) নামেও পরিচিত, এটি আণবিক ডেটা সংরক্ষণের জন্য গণনামূলক রসায়নে ব্যবহৃত হয়, বিশেষ করে কোয়ান্টাম রসায়ন গণনার ফলে ইলেক্ট্রন ঘনত্বের তথ্য। এই বিন্যাসটি সাধারণত গাউসিয়ান সফ্টওয়্যার প্যাকেজ-এর সাথে যুক্ত থাকে, যা ব্যাপকভাবে অ্যাব ইনিশিয়েট ইলেকট্রনিক গঠন গণনা সম্পাদনের জন্য ব্যবহৃত হয়।
গাউসিয়ান কিউব ফাইলগুলি কোয়ান্টাম রসায়ন গণনার মাধ্যমে প্রাপ্ত ত্রিমাত্রিক তথ্য সংরক্ষণ করে, সাধারণত ইলেক্ট্রন ঘনত্ব বা অণুর অন্যান্য বৈশিষ্ট্য উপস্থাপন করে। ফাইলটিতে মেটাডেটা সহ শিরোনাম বিভাগ রয়েছে (যেমন উৎপত্তি, প্রতিটি অক্ষ বরাবর ডেটা পয়েন্টের সংখ্যা এবং ব্যবধান), তারপরে স্থানের প্রতিটি গ্রিড পয়েন্টে আগ্রহের সম্পত্তি (যেমন, ইলেক্ট্রন ঘনত্ব) প্রতিনিধিত্বকারী সংখ্যাসূচক মানের গ্রিড রয়েছে।
গাউসিয়ান কিউব ফাইল (.কিউব) নির্দিষ্ট কাঠামো সহ একটি প্লেইন-টেক্সট ফাইল। হেডারে আণবিক সিস্টেম এবং ডেটা গ্রিড সম্পর্কে তথ্য রয়েছে এবং ডেটা মানগুলি ত্রিমাত্রিক গ্রিড বিন্যাসে সাজানো হয়েছে। গাউসিয়ান কিউব ফাইলগুলি প্রায়ই আণবিক ভিজ্যুয়ালাইজেশন সফ্টওয়্যার ব্যবহার করে আণবিক বৈশিষ্ট্যগুলি কল্পনা করতে ব্যবহৃত হয়। VMD (ভিজ্যুয়াল মলিকুলার ডায়নামিক্স) বা PyMOL এর মতো প্রোগ্রামগুলি আণবিক পৃষ্ঠ, ইলেক্ট্রন ঘনত্ব বা অন্যান্য গণনা করা বৈশিষ্ট্যগুলি প্রদর্শন করতে গাউসিয়ান কিউব ফাইলগুলি পড়তে পারে।
গাউসিয়ান কিউব ফাইলের সরলীকৃত উদাহরণ:
Cubefile Example
Generated by Gaussian
0 1 0 0 0 0 0 0 0 0
0.0000000000000000E+00 0.0000000000000000E+00 0.0000000000000000E+00
50 0.1000000000000000E+01 0.0000000000000000E+00 0.0000000000000000E+00
50 0.0000000000000000E+00 0.1000000000000000E+01 0.0000000000000000E+00
50 0.0000000000000000E+00 0.0000000000000000E+00 0.1000000000000000E+01
0.123456789E+02 0.123456789E+02 0.123456789E+02 0.123456789E+02 0.123456789E+02
... (data values for electron density at each grid point)
গাউসিয়ান সম্পর্কে
গাউসিয়ান হল কোয়ান্টাম রসায়ন এবং কম্পিউটেশনাল কেমিস্ট্রির জন্য সফটওয়্যার অ্যাপ্লিকেশনের একটি স্যুট। গাউসিয়ানের প্রাথমিক ফোকাস হল ab initio কোয়ান্টাম রসায়ন পদ্ধতি, যা অণুর বৈদ্যুতিন কাঠামো অধ্যয়নের জন্য অত্যন্ত নির্ভুল কিন্তু গণনামূলকভাবে নিবিড় পন্থা। সফ্টওয়্যারটি আণবিক বৈশিষ্ট্যের পূর্বাভাস, প্রতিক্রিয়া প্রক্রিয়া অধ্যয়ন এবং আণবিক কাঠামো অন্বেষণ সহ বিভিন্ন অ্যাপ্লিকেশনের জন্য গবেষণা এবং একাডেমিক সেটিংসে ব্যাপকভাবে ব্যবহৃত হয়।
NWChem সম্পর্কে
NWChem হল একটি ওপেন-সোর্স কম্পিউটেশনাল কেমিস্ট্রি সফ্টওয়্যার যা হাই-পারফরম্যান্স কোয়ান্টাম কেমিস্ট্রি সিমুলেশনের জন্য ডিজাইন করা হয়েছে। এটি হার্ট্রি-ফক এবং ঘনত্ব কার্যকরী তত্ত্বের মতো অ্যাবি ইনটিও পদ্ধতি ব্যবহার করে, ক্লাস্টারগুলিতে দক্ষ গণনার জন্য সমান্তরাল কম্পিউটিং সমর্থন করে এবং কম্পিউটেশনাল কেমিস্ট্রি, বায়োকেমিস্ট্রি এবং ম্যাটেরিয়াল সায়েন্স সহ বিভিন্ন বৈজ্ঞানিক ক্ষেত্রে অ্যাপ্লিকেশন খুঁজে পায়। NWChem তার বহুমুখীতার জন্য পরিচিত, গবেষকদের বিভিন্ন রাসায়নিক সিস্টেম অধ্যয়ন করার অনুমতি দেয় এবং এর উন্মুক্ত-উৎস প্রকৃতি সম্প্রদায়ের অবদান এবং কাস্টমাইজেশনকে উৎসাহিত করে।
ভিএমডি সম্পর্কে
VMD, যা ভিজ্যুয়াল মলিকুলার ডাইনামিক্সের জন্য দাঁড়িয়েছে, এটি শক্তিশালী এবং ব্যাপকভাবে ব্যবহৃত আণবিক ভিজ্যুয়ালাইজেশন প্রোগ্রাম যা প্রদর্শন, বিশ্লেষণ এবং অ্যানিমেটিং আণবিক গতিবিদ্যা (MD) ট্র্যাজেক্টোরিজ, সেইসাথে স্থির আণবিক কাঠামোর জন্য। এটি কম্পিউটেশনাল কেমিস্ট্রি, মলিকুলার বায়োলজি এবং স্ট্রাকচারাল বায়োইনফরমেটিক্সের ক্ষেত্রে বিশেষভাবে জনপ্রিয়। VMD অণু এবং আণবিক কমপ্লেক্সের উচ্চ-মানের 3D রেন্ডারিং প্রদান করে, আণবিক গঠনগুলিকে কল্পনা করতে পারদর্শী। এটি বিভিন্ন আণবিক ফাইল বিন্যাস সমর্থন করে।
PyMOL সম্পর্কে
PyMOL হল একটি আণবিক ভিজ্যুয়ালাইজেশন সিস্টেম এবং সফ্টওয়্যার টুল যা আণবিক কাঠামোর ত্রি-মাত্রিক ভিজ্যুয়ালাইজেশনের জন্য ব্যবহৃত হয়। এটি স্ট্রাকচারাল বায়োলজি, বায়োইনফরমেটিক্স এবং কম্পিউটেশনাল কেমিস্ট্রির ক্ষেত্রে বিশেষভাবে জনপ্রিয়। PyMOL আণবিক কাঠামোর উচ্চ-মানের 3D রেন্ডারিং প্রদান করে, যা ব্যবহারকারীদের জৈবিক ম্যাক্রোমোলিকুলের আকার, পৃষ্ঠ এবং মিথস্ক্রিয়া কল্পনা এবং অন্বেষণ করতে সক্ষম করে।
CUBE ফাইল কিভাবে খুলবেন?
CUBE ফাইল খোলা এবং নিম্নলিখিত প্রোগ্রাম ব্যবহার করে উল্লেখ করা যেতে পারে.
- NWChem (বিনামূল্যে) (উইন্ডোজ, ম্যাক, লিনাক্স) এর জন্য
