CUBE faylı nədir?
Gauss Cube faylı (.cube) kimi də tanınan CUBE fayl formatı hesablama kimyasında molekulyar məlumatların, xüsusən kvant kimyası hesablamaları nəticəsində əldə edilən elektron sıxlığı məlumatlarının saxlanması üçün istifadə olunur. Bu format adətən ab initio elektron struktur hesablamalarını yerinə yetirmək üçün geniş istifadə olunan Gauss proqram paketi ilə əlaqələndirilir.
Gauss Cube faylları kvant kimyası hesablamaları vasitəsilə əldə edilən adətən elektron sıxlığını və ya molekulların digər xassələrini təmsil edən üçölçülü məlumatları saxlayır. Faylda metadata (mənşə, hər bir ox boyunca məlumat nöqtələrinin sayı və interval kimi) olan başlıq bölməsi, ardınca məkanda hər bir şəbəkə nöqtəsində maraq doğuran xüsusiyyəti (məsələn, elektron sıxlığı) təmsil edən ədədi dəyərlər şəbəkəsi var.
Gauss Cube faylı (.cube) xüsusi struktura malik düz mətn faylıdır. Başlıq molekulyar sistem və məlumat şəbəkəsi haqqında məlumatları ehtiva edir və məlumat dəyərləri üç ölçülü şəbəkə formatında təşkil edilir. Gaussian Cube faylları tez-tez molekulyar vizuallaşdırma proqramından istifadə edərək molekulyar xassələri vizuallaşdırmaq üçün istifadə olunur. VMD (Visual Molecular Dynamics) və ya PyMOL kimi proqramlar molekulyar səthləri, elektron sıxlığını və ya digər hesablanmış xassələri göstərmək üçün Qauss kub fayllarını oxuya bilər.
Simplified example of Gaussian Cube file:
Cubefile Example
Generated by Gaussian
0 1 0 0 0 0 0 0 0 0
0.0000000000000000E+00 0.0000000000000000E+00 0.0000000000000000E+00
50 0.1000000000000000E+01 0.0000000000000000E+00 0.0000000000000000E+00
50 0.0000000000000000E+00 0.1000000000000000E+01 0.0000000000000000E+00
50 0.0000000000000000E+00 0.0000000000000000E+00 0.1000000000000000E+01
0.123456789E+02 0.123456789E+02 0.123456789E+02 0.123456789E+02 0.123456789E+02
... (data values for electron density at each grid point)
Gauss haqqında
Gaussian kvant kimyası və hesablama kimyası üçün proqram proqramları toplusudur. Gauss dilinin əsas diqqəti molekulların elektron quruluşunu öyrənmək üçün yüksək dəqiqlik, lakin hesablama baxımından intensiv yanaşmalar olan ab initio kvant kimyası metodlarına yönəlmişdir. Proqram, molekulyar xassələrin proqnozlaşdırılması, reaksiya mexanizmlərinin öyrənilməsi və molekulyar strukturların tədqiqi daxil olmaqla müxtəlif tətbiqlər üçün tədqiqat və akademik parametrlərdə geniş istifadə olunur.
NWChem haqqında
NWChem yüksək performanslı kvant kimyası simulyasiyaları üçün nəzərdə tutulmuş açıq mənbəli hesablama kimya proqramıdır. O, Hartree-Fok və sıxlıq funksional nəzəriyyəsi kimi ab-initio metodlardan istifadə edir, klasterlərdə səmərəli hesablamalar üçün paralel hesablamaları dəstəkləyir və hesablama kimyası, biokimya və materialşünaslıq daxil olmaqla müxtəlif elmi sahələrdə tətbiqlər tapır. NWChem tədqiqatçılara müxtəlif kimyəvi sistemləri öyrənməyə imkan verən çox yönlüliyi ilə tanınır və onun açıq mənbəli təbiəti icma töhfələrini və fərdiləşdirməni təşviq edir.
VMD haqqında
Vizual Molekulyar Dinamika mənasını verən VMD, molekulyar dinamikanın (MD) trayektoriyalarını, həmçinin statik molekulyar strukturları göstərmək, təhlil etmək və canlandırmaq üçün güclü və geniş istifadə olunan molekulyar vizuallaşdırma proqramıdır. Xüsusilə hesablama kimyası, molekulyar biologiya və struktur bioinformatika sahələrində populyardır. VMD molekulyar strukturların vizuallaşdırılmasında üstündür, molekulların və molekulyar komplekslərin yüksək keyfiyyətli 3D təsvirlərini təmin edir. Müxtəlif molekulyar fayl formatlarını dəstəkləyir.
PyMOL haqqında
PyMOL molekulyar strukturların üçölçülü vizuallaşdırılması üçün istifadə olunan molekulyar vizuallaşdırma sistemi və proqram vasitəsidir. Xüsusilə struktur biologiya, bioinformatika və hesablama kimyası sahələrində populyardır. PyMOL molekulyar strukturların yüksək keyfiyyətli 3D təsvirlərini təqdim edir, istifadəçilərə bioloji makromolekulların formalarını, səthlərini və qarşılıqlı təsirlərini vizuallaşdırmaq və araşdırmaq imkanı verir.
CUBE faylını necə açmaq olar?
CUBE faylı aşağıdakı proqramlardan istifadə etməklə açıla və istinad edilə bilər.
- NWChem (Pulsuz) (Windows, MAC, Linux) üçün
