ما هو ملف CHIP؟
ملف CHIP هو ملف تعليق توضيحي ميكروأري ويرتبط ببرنامج تحليل إثراء مجموعة الجينات (GSEA). GSEA هي طريقة حسابية تقيم ما إذا كانت مجموعة الجينات المحددة مسبقًا (مجموعة الجينات) تظهر اختلافات ذات دلالة إحصائية بين حالتين بيولوجيتين, مثل الأنسجة السليمة مقابل الأنسجة المريضة أو الخلايا المعالجة بالأدوية مقابل الخلايا غير المعالجة. لإجراء GSEA, تحتاج إلى مجموعة بيانات التعبير الجيني وقاعدة بيانات مجموعة الجينات. تحتوي قاعدة بيانات مجموعة الجينات على معلومات حول الجينات الموجودة في مجموعات الجينات, مثل وظيفتها أو مسارها أو تعبيرها الخاص بالأنسجة.
يعد ملف CHIP نوعًا محددًا من قاعدة بيانات مجموعة الجينات التي تستخدمها GSEA. أنه يحتوي على معلومات حول الجينات ومجموعات الجينات ذات الصلة بمنصة ميكروأري المستخدمة في التجربة. يوفر ملف CHIP شروحًا لكل مسبار على المصفوفة الدقيقة, مثل رمز الجين واسم الجين ووصف الجين وموقع الكروموسومات. يتم استخدام هذه المعلومات لمطابقة المجسات مع الجينات الموجودة في مجموعة بيانات التعبير الجيني وتعيينها لمجموعات الجينات المناسبة لتحليل GSEA.
لاستخدام ملف CHIP في GSEA, تحتاج إلى استيراده إلى البرنامج وربطه بمجموعة بيانات ميكروأري الخاصة بك. يدعم GSEA العديد من الأنظمة الأساسية للمصفوفات الدقيقة ويوفر ملفات CHIP مُعدة مسبقًا للعديد منها. ومع ذلك, يمكنك أيضًا إنشاء ملف CHIP الخاص بك باستخدام قواعد بيانات التعليقات التوضيحية من مصادر خارجية, مثل NCBI أو Ensembl.
معلومات اكثر
ملف CHIP ليس جدول بيانات, ولكن يمكن فتحه وتحريره في برنامج جداول بيانات مثل Microsoft Excel أو Google Sheets. ملف CHIP هو نوع من الملفات النصية التي تحتوي على بيانات محددة بعلامات جدولة, والتي يمكن استيرادها بسهولة إلى برنامج جدول بيانات للعرض والتحرير.
في برنامج جداول البيانات, يمكنك معالجة البيانات الموجودة في ملف CHIP لإضافة أو إزالة أو تعديل التعليقات التوضيحية للجينات ومجموعات الجينات الموجودة على المصفوفة الدقيقة. على سبيل المثال, يمكنك استخدام برنامج جدول بيانات لإضافة تعليقات توضيحية مخصصة للجينات غير المضمنة في ملف CHIP الأصلي, أو لدمج ملفات CHIP متعددة من مصادر مختلفة في ملف واحد.
ومع ذلك, من المهم ملاحظة أن ملف CHIP له تنسيق وبنية محددة يجب الحفاظ عليها من أجل التوافق مع برنامج GSEA. إذا قمت بتعديل محتويات ملف CHIP في برنامج جدول بيانات, فيجب عليك التأكد من أن التعديلات لا تغير تنسيق الملف أو المحتوى بطريقة قد تؤثر على دقة أو صحة تحليل GSEA.
كيفية فتح ملف CHIP؟
نظرًا لأن ملف CHIP يحتوي على بيانات محددة بعلامات جدولة, لذلك إذا كنت تريد عرض بيانات جدول البيانات, فيمكنك فتحه في Microsoft Excel.
